La Federación Galáctica no infravalora la gravedad del percance con los piratas espaciales en el planeta Zebes y manda una nave de exploración al planeta SR388 para confirmar la existencia de metroides en ese sitio. No obstante, la nave desaparece sin dejar indicio.
Un equipo de rescate viaja a SR388, mas asimismo se desvanece. La Federación concluye que los metroides que habitan en las supones del planeta son los responsables y, nuevamente, piden la ayuda de Samus. Esta vez, su misión consiste en erradicar a los metroides de SR388.
Tras un sinfín de combates a vida o bien muerte con los metroides en sus diferentes formas evolutivas, Samus se encara a la Reina Metroide y la derrota, lo que supone el fin de la misión. No obstante, y de forma inopinada, un metroide nace justo delante de Samus. Como es el primer ser vivo que ve solamente nacer, la cría considera a Samus como su madre, y esta última no se siente capaz de terminar con el metroide. Samus acaba por llevárselo a la Academia de Ciencia Espacial de la Federación Galáctica a fin de que lo estudien.